中心目前设置综合部、设施部、技术部、发展部、科研部5个部门。 综合部：负责对接地方委办局落实配套资源等综合协调工作。 设施部：负责先进阿秒激光设施建设、维护及开放运行工作。 技术部：负责超快激光器研发及设施用激光器研制工作。 科研部：负责重大科学问题凝练与建制化科研攻关。 发展部：负责激光器技术咨询、服务、维修工作。
